Sebagai Aparatur Pengawas Intern Pemerintah (APIP), Itjen KKP menjalankan mandat untuk melaksanakan pengawasan intern yang dapat memberikan nilai tambah terhadap pencapaian tujuan kementerian. Melalui pelaksanaan tugas dan fungsinya, Itjen berupaya untuk memberikan keyakinan kepada pimpinan kementerian bahwa penyelenggaraan pemerintahan di bidang kelautan dan perikanan telah berjalan secara efektif, efisien, andal, dan senantiasa sesuai dengan peraturan perundangan yang berlaku. Agar dapat berkontribusi secara efektif dalam memberikan keyakinan atas pencapaian tujuan KKP, pengawasan intern dilaksanakan dengan cara menggunakan pendekatan yang sistematis dan terukur dengan mengacu kepada standar pengawasan yang berlaku.

Tidak hanya itu, Itjen juga menerapkan praktik-praktik terbaik yang berkembang seiring dengan pembelajaran dari hasil evaluasi internal maupun dari organisasi lain (eksternal). Mengingat keterbatasan sumber daya pengawasan yang ada, Itjen harus memfokuskan pengawasan pada hal-hal yang signifikan dan berkaitan erat dengan pencapaian tujuan organisasi. Dalam hal ini, pengawasan intern berbasis risiko merupakan pendekatan terbaik yang dapat digunakan untuk menghadapi keterbatasan dan tantangan tersebut. Untuk itu, dalam melaksanakan pengawasan intern, Itjen mengedepankan pengawasan terhadap pelaksanaan fungsi yang memiliki risiko tinggi dan menjadi perhatian publik dan/atau pimpinan KKP. 

Pasca kebijakan efisiensi anggaran, tentunya diperlukan pendekatan berbeda, termasuk perubahan Program Kerja Pengawasan Tahunan (PKPT) 2025 yang telah ditetapkan sebelumnya. Berkaitan dengan hal tersebut, telah dilakukan rapat pembahasan Revisi PKPT Tahun 2025 pasca efisiensi anggaran KKP yang bertempat di Ruang Rapat BerAkhlak, Itjen KKP. Dalam rapat tersebut juga dibahas rencana pengawasan Program P3DN, dan kegiatan pendukung pencapaian Indikator Kinerja Mandatory.

Dalam menjalankan fungsi pengawasan, Itjen KKP juga berupaya untuk terus berinovasi dan melakukan perbaikan berkelanjutan. Salah satu bentuk inovasi tersebut adalah penerapan praktik-praktik terbaik (best practices), baik yang diperoleh melalui evaluasi internal maupun pembelajaran dari organisasi lain di lingkungan pemerintah maupun sektor lainnya. Selain itu, pengawasan akan dilaksanakan secara hybrid yaitu melalui tatap muka maupun daring dengan memanfaatkan teknologi dan sarana yang ada. Langkah ini diambil untuk meningkatkan kualitas pengawasan dan memastikan bahwa metode yang digunakan senantiasa relevan serta adaptif terhadap perkembangan lingkungan strategis.