Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP) terus berbenah dan menyempurnakan pelaksanaan sistem  jaminan mutu dan keamanan kelautan dan perikanan. Dengan terbitnya UU Nomor 21 Tahun 2019 tentang Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan yang ditindaklanjuti Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2023 tentang Badan Karantina Indonesia, maka fungsi pelaksanaan tindakan karantina ikan yang selama ini di KKP, akan dilaksanakan oleh Badan Karantina Indonesia, yang merupakan gabungan dengan Badan Karantina Pertanian. Sedangkan merujuk pada Peraturan Pemerintah Nomor 57 Tahun 2015 tentang Sistem Jaminan Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan serta Peningkatan Nilai Tambah Produk Hasil Perikanan, maka kegiatan usaha pembudidayaan, penangkapan, penanganan,pengolahan, pengemasan,  penyimpanan, dan pendistribusian hasil perikanan wajib menerapkan sistem jaminan mutu dan keamanan hasil perikanan yang pelaksanaannya dikoordinasikan oleh BPPMHKP.

BPPMHKP yang diberikan mandat sebagai Otoritas Kompeten yang dapat menjamin mutu dan keamanan hasil kelautan dan perikanan akan menerbitkan Sertifikat di bidang Budi Daya (Sertifikat CBIB, Sertifikat Perbenihan, Pakan, Obat Ikan, dan Distribusi Obat Ikan), Sertifikat di bidang Penangkapan Ikan (Sertifikat CPIB Kapal), Sertifikat di Bidang Penanganan dan Pengolahan (Sertifikat SKP, Sertifikat HACCP dan Pengelolaan Distribusi Ikan).

Sehubungan dengan hal tersebut, Itjen KKP melaksanakan audit Audit atas Sistem Jaminan Mutu Hasil Kelautan dan Perikanan pada BPPMHKP, dengan lingkup kegiatan antara lain:

1. Inspektorat IV melaksanakan Survey Pendahuluan Audit atas Sistem Jaminan Mutu Hasil Kelautan dan Perikanan pada BPPMHKP Tahun 2024     
2. Inspektorat IV melaksanakan Audit atas Sistem Jaminan Mutu Hasil Kelautan dan Perikanan pada BPPMHKP Tahun 2024      
3. Inspektorat IV melaksanakan Uji Petik Audit atas Sistem Jaminan Mutu Hasil Kelautan dan Perikanan Tahun 2024 pada Balai Besar KIPM Jakarta I              
4. Inspektorat IV melaksanakan Uji Petik Audit atas Sistem Jaminan Mutu Hasil Kelautan dan Perikanan Tahun 2024 pada Balai KIPM Denpasar        
5. Inspektorat IV melaksanakan Uji Petik Audit atas Sistem Jaminan Mutu Hasil Kelautan dan Perikanan Tahun 2024 pada Balai Besar KIPM Makassar