Audit kinerja adalah proses identifikasi masalah, analisis dan evaluasi bukti yang dilakukan secara independen, objektif, dan profesional berdasarkan standar Audit, untuk menilai kebenaran, kecermatan, kredibilitas, efektivitas, efisiensi, dan keandalan informasi pelaksanaan tugas dan fungsi instansi pemerintah.

Berbeda dengan jenis pengawasan intern yang lain seperti reviu, evaluasi dan pemantauan yang memberikan keyakinan terbatas, maka audit memberikan keyakinan memadai kepada manajemen atas penilaian yang dilaksanakan oleh auditor terhadap satker yang diaudit. Standar Audit mengharuskan auditor untuk memperoleh keyakinan memadai tentang apakah suatu kegiatan (yang tengah berjalan/on going maupun yang telah selesai) atau laporan (keuangan) -  tergantung jenis audit - secara keseluruhan bebas dari kesalahan (penyajian) material, baik yang disebabkan oleh kecurangan (fraud) maupun kesalahan lainnya, namun keyakinan tersebut bukan merupakan keyakinan absolut, karena terdapat risiko inheren dalam audit. Dengan kata lain, sampling audit harus mencukupi sampai dengan tingkat risiko yang dapat diterima, dan pengujian atas bukti/dokumen yang disampaikan harus dilaksanakan secara cermat.

Perbandingan kriteria dengan kondisi aktual akan menghasilkan temuan audit. Jika kondisi memenuhi atau melebihi kriteria, hal ini mengindikasikan bahwa auditan telah melaksanakan praktik terbaik. Sebaliknya, jika kondisi tidak memenuhi kriteria, hal ini mengindikasikan perlunya tindakan perbaikan.

Audit kinerja tidak hanya berfungsi untuk menilai sejauh mana suatu instansi pemerintah mencapai tujuan dan sasaran yang telah ditetapkan, tetapi juga berperan dalam meningkatkan tata kelola dan pengendalian risiko.

Beberapa audit kinerja di Bulan Agustus antara lain:

1. Audit Kinerja Tahun Anggaran 2023-2024 pada Politeknik KP Kupang, Provinsi Nusa Tenggara Timur
2. Audit Kinerja TA 2023-2024 pada Balai Pelatihan dan Penyuluhan Perikanan (BPPP) Banyuwangi, Provinsi Jawa Timur
3. Audit Kinerja TA 2023 - 2024 pada BPBAP Ujung Batee, Provinsi Aceh
4. Audit Kinerja TA 2023 - 2024 pada Balai Pengujian Kesehatan Ikan dan Lingkungan (BPKIL) Serang, Provinsi Banten
5. Audit Kinerja Tahun Anggaran 2023-2024 pada BBPBL Lampung, Provinsi Lampung
6. Audit Kinerja TA 2023-2024 pada Balai Pelatihan dan Penyuluh Perikanan (BPPP) Ambon, Provinsi Maluku

Audit kinerja dilaksanakan melalui tahapan-tahapan penyusunan Program/Pedoman Kerja Audit (PKA) rinci yang berisikan Tentative Audit Objective (TAO) atau biasa dikenal juga sebagai titik-titik kritis yang potensial menjadi temuan beserta langkah-langkah kerja tim, selanjutnya setelah Tim Audit terbentuk dilakukan penelaahan awal terhadap Sistem Pengendalian Internal (SPI) guna menentukan luas cakupan sampling audit. Tahapan selanjutnya penyusunan Kertas Kerja Audit (KKA) oleh tim yang berisikan simpulan-simpulan atas kondisi dan penyebab, dan sudah lebih mengarah ke temuan sementara. Temuan sementara ini nantinya direviu secara berjenjang oleh Ketua Tim, Pengendali Teknis hingga Pengendali Mutu, dan setelah mendapatkan tanggapan dijadikan sebagai temuan final. Tahapan terakhir adalah meramu seluruh temuan final tersebut menjadi sebuah Laporan Hasil Audit (LHA) yang utuh dengan atribut-atribut temuan yang terdiri dari Kondisi, Kriteria, Penyebab, Akibat, dan Rekomendasi. LHA ini umumnya juga telah dilampiri dengan Rencana Aksi penyelesaian tindak lanjut oleh auditi dengan detail batas waktu pelaksanaan tindak lanjut. Secara umum, batas waktu penyelesaian tindak lanjut semua hasil pengawasan (LHP) Itjen KKP adalah 30 hari setelah LHP diterima.

Dalam melakukan suatu audit, auditor harus mempertimbangkan efektivitas pengendalian intern yang dimiliki auditan. Dalam audit kinerja, pemahaman yang memadai atas pengendalian intern auditan akan membantu auditor menentukan ruang lingkup kegiatan yang sesuai dengan tujuan audit.

Audit fokus pada area yang mampu memberi nilai tambah dan memiliki potensi untuk perbaikan berkelanjutan. Melalui upaya audit kinerja yang berkelanjutan, diharapkan KKP dapat semakin baik dalam mengelola sumber daya kelautan dan perikanan, memberikan manfaat bagi masyarakat, serta menjaga keberlanjutan lingkungan. Dengan demikian, audit kinerja bukan hanya sekadar kegiatan formal, tetapi menjadi bagian integral dari upaya KKP untuk mencapai visi dan misinya dalam pengelolaan sumber daya yang berkelanjutan.