Audit kinerja adalah proses identifikasi masalah, analisis dan evaluasi bukti yang dilakukan secara independen, objektif, dan profesional berdasarkan standar Audit, untuk menilai kebenaran, kecermatan, kredibilitas, efektivitas, efisiensi, dan keandalan informasi pelaksanaan tugas dan fungsi instansi pemerintah.

Berbeda dengan jenis pengawasan intern yang lain seperti reviu, evaluasi dan pemantauan yang memberikan keyakinan terbatas, maka audit memberikan keyakinan memadai kepada manajemen atas penilaian yang dilaksanakan oleh auditor terhadap satker yang diaudit. Standar Audit mengharuskan auditor untuk memperoleh keyakinan memadai tentang apakah suatu kegiatan (yang tengah berjalan/on going maupun yang telah selesai) atau laporan (keuangan) -  tergantung jenis audit - secara keseluruhan bebas dari kesalahan (penyajian) material, baik yang disebabkan oleh kecurangan (fraud) maupun kesalahan lainnya, namun keyakinan tersebut bukan merupakan keyakinan absolut, karena terdapat risiko inheren dalam audit. Dengan kata lain, sampling audit harus mencukupi sampai dengan tingkat risiko yang dapat diterima, dan pengujian atas bukti/dokumen yang disampaikan harus dilaksanakan secara cermat. 

Audit kinerja dilaksanakan melalui tahapan-tahapan penyusunan Program/Pedoman Kerja Audit (PKA) rinci yang berisikan Tentative Audit Objective (TAO) atau biasa dikenal juga sebagai titik-titik kritis yang potensial menjadi temuan beserta langkah-langkah kerja tim, selanjutnya setelah Tim Audit terbentuk dilakukan penelaahan awal terhadap Sistem Pengendalian Internal (SPI) guna menentukan luas cakupan sampling audit. Tahapan selanjutnya penyusunan Kertas Kerja Audit (KKA) oleh tim yang berisikan simpulan-simpulan atas kondisi dan penyebab, dan sudah lebih mengarah ke temuan sementara. Temuan sementara ini nantinya direviu secara berjenjang oleh Ketua Tim, Pengendali Teknis hingga Pengendali Mutu, dan setelah mendapatkan tanggapan dijadikan sebagai temuan final. Tahapan terakhir adalah meramu seluruh temuan final tersebut menjadi sebuah Laporan Hasil Audit (LHA) yang utuh dengan atribut-atribut temuan yang terdiri dari Kondisi, Kriteria, Penyebab, Akibat, dan Rekomendasi. LHA ini umumnya juga telah dilampiri dengan Rencana Aksi penyelesaian tindak lanjut oleh auditi dengan detail batas waktu pelaksanaan tindak lanjut. Secara umum, batas waktu penyelesaian tindak lanjut semua hasil pengawasan (LHP) Itjen KKP adalah 30 hari setelah LHP diterima. 

Beberapa kegiatan audit yang dilaksanakan selama februari 2024 ini antara lain:

1. Audit Kinerja TA 2023-2024 pada Balai Perikanan Budidaya Laut (BPBL) Lombok
2. Audit Kinerja Tahun Anggaran 2023 - 2024 pada Loka Kawasan Konservasi Perairan Nasional (LKKPN) Pekanbaru Provinsi Riau
3. Audit Kinerja Tahun Anggaran 2023-2024 pada Balai Pengelolaan Sumberdaya Pesisir dan Laut Pontianak, Provinsi Kalimantan Barat
4. Audit Kinerja TA 2023 dan Asistensi Pembangunan Unit Kerja Menuju WBK Tahun 2024 pada Stasiun KIPM Aceh di Provinsi Aceh
5. Audit Kinerja TA 2023-2024 pada Balai Perikanan Budidaya Laut (BPBL) Ambon, Provinsi Maluku
6. Audit Kinerja TA 2023 pada PPS Bungus, Provinsi Sumatera Barat

Tujuan dari audit kinerja adalah menilai kinerja suatu organisasi, program, atau kegiatan yang meliputi audit atas aspek ekonomis, efisiensi, dan efektivitas (3E). Audit fokus pada area yang mampu memberi nilai tambah dan memiliki potensi untuk perbaikan berkelanjutan. Pada prinsipnya audit kinerja terkait dengan hubungan antara input, output, proses, dan outcome.