Seperti diulas di tulisan sebelumnya, mutu ikan tidak hanya ditentukan oleh kesegarannya tetapi juga oleh kandungan kontaminan di dalamnya. Kontaminan seperti logam berat, mikroplastik, atau residu antibiotik dapat hadir dalam ikan, terutama jika ikan tersebut berasal dari perairan yang tercemar atau dibudidayakan dengan praktik yang tidak bertanggung jawab.

Badan Pengendalian dan Pengawasan Mutu Hasil Kelautan dan Perikanan (BPPMHKP) sebagai otoritas kompeten, telah menyusun sertifikasi produk perikanan hulu-hilir. Hal ini dilakukan untuk mencegah logam berat seperti merkuri masuk ke dalam ikan hingga dikonsumsi oleh manusia. 

Selain itu, penerapan mutu perikanan juga untuk mencegah kontaminasi mikroplastik yang tertelan oleh ikan. 

Selain itu, ikan yang dibudidayakan tanpa pengawasan sering kali terpapar antibiotik atau bahan kimia lainnya. Konsumsi ikan dengan residu antibiotik dapat menyebabkan resistensi antibiotik, yang menjadi ancaman serius bagi kesehatan masyarakat.

Untuk menghindari kontaminan ini, konsumen disarankan untuk memilih ikan yang memiliki sertifikasi mutu atau berasal dari sumber yang terpercaya.