Sejarah UPT

Balai Kawasan Konservasi Perairan Nasional(BKKPN) merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bidang Kawasan Konservasi Perairan Nasional yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Kelautan, Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil, Departemen Kelautan dan Perikanan. Yang saat ini berganti nomenklatur menjadi Direktorat Jenderal Pengelolaan Ruang Laut (Ditjen. PRL), Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP).  Sesuai dengan Peraturan Presiden No. 63 Tahun 2015 tentang Kementerian Kelautan dan Perikanan

BKKPN Kupang dibentuk pada tahun 2007 berdasarkan surat persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor B-2590.1/M.PAN/10/2007 tanggal 31 Oktober 2007, yang ditindaklanjuti dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor PER.19/MEN/2007 tanggal 15 November 2007  tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Balai Kawasan Konservasi Perairan Nasional. Dimana saat itu sesuai dengan Permen KP Nomor Per. 19/MEN/2007 UPT. Balai KKPN berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Kelautan, Pesisir dan Pulau-pulau Kecil (KP3K), Departemen Kelautan dan Perikanan.

Selanjutnya pada tahun 2008, peraturan mengenai Organisasi dan Tata Kerja Balai Kawasan Konservasi Perairan Nasional tersebut diganti dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor PER.23/MEN/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Kawasan Konservasi Perairan Nasional. Dengan diberlakukan Permen KP nomor 23 tahun 2008 tersebut maka Permen KP Nomor Per. 19/MEN/2007 tidak diberlakukan lagi.

Permen KP 23 tahun 2008 ini juga mengalami sedikit perubahan pada beberapa pasal dengan dikeluarkan  Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor PER.24/MEN/2011 tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor PER.23/MEN/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Kawasan Konservasi Perairan Nasional. Permen KP Nomor PER.24/MEN/2011 lebih menekankan pada pasal mengenai satuan kerja dan wilayah kerja.

BKKPN mulai beroperasi pada tanggal 11 Maret 2008 dan dikepalai oleh seorang pejabat setara Eselon IIIa. Wilayah kerja Balai KKPN Kupang meliputi Kawasan Konservasi Perairan Nasional wilayah Indonesia Timur ( Sulawesi Tenggara, Sulawesi Barat, Sulawesi Tengah, Sulawesi Selatan, Gorontalo, Nusa Tenggara Timur, Nusa Tenggara Barat, Maluku, Maluku Utara, Papua, Papua Barat ) sesuai dengan Permen KP Nomor PER.24/MEN/2011.

Sejak beroperasi dari tahun 2008 sampai sekarang ini sudah 5 kali pergantian pejabat yang menduduki jabatan Kepala Balai. Untuk saat ini, jabatan Kepala Balai dipercayakan kepada Imam Fauzi, S.S., M.Eng; yang menjabat sejak Maret 2021