Wilayah pesisir dan laut Indonesia juga sangat rentan terhadap berbagai ancaman pencemaran baik yang berasal dari aktivitas domestik manusia (marine debris), industri (pengolahan perikanan), perhubungan laut seperti tumpahan minyak (oil spill), maupun aktivitas lainnya.

Pencemaran di Lingkungan Laut (Pollution of the marine environment) yaitu dimasukanya oleh manusia, secara langsung atau tidak langsung ke dalam lingkungan laut yang mengakibatkan dapat buruk sedemikian rupa seperti kerusakan pada  keberlangsungan kehidupan laut sehingga berbahaya bagi kesehatan manusian, gangguan terhadap kegiatan di laut termasuk penangkapan ikan. (UNCLOS. 1982) Hal ini tentunya akan menimbulkan dampak negatif terhadap ekosistem, habitat, biota laut dan penurunan kualitas lingkungan pesisir. Ancaman pencemaran tersebut apabila tidak ditangani secara tepat dapat mengakibatkan semakin meluasnya dampak negatif terhadap kehidupan manusia dan biota.

Pemerintah telah menerbitkan PP No.19 Tahun 1999 tentang Pengendalian Pencemaran dan/atau Perusakan Laut. Pemerintah mengatur terkait mekanisme pengurangan pencemaran laut, termasuk pembentukan Tim Koordinasi Nasional terhadap penanganan sampah di laut.

Terdapat beberapa Jenis Pencemaran Laut diantaranya:

1. Tumpahan Minyak (Oil Spil)
2. Sampah Laut (Marine Debris)
3. Dumping
4. Pencemaran Limbah Industri
5. Kecelakaan Kapal Bermuatan Tambang non Minyak di Laut

Berbagai pihak/sektor telah melakukan upaya dalam penanggulangan dan pengendalian pencemaran, namun masih bersifat sektoral dan belum terintegrasi. Pengendalian pencemaran di wilayah pesisir dan laut tersebut tidak dapat dilakukan secara parsial dan harus melibatkan banyak pihak/sektor didalamnya. Kementerian Kelautan dan Perikanan cq. Direktorat Pendayagunaan Pesisi dan Pulau-Pulau Kecil ikut aktif dalam penanganan pencemaran laut ini yang berkoordinasi dengan K/L terkait, para pakar, praktisi, stakeholder dan para pengambil kebijakan untuk saling bertukar informasi, data, dan upaya-upaya pengendalian pencemaran yang telah dan akan dilakukan kedepan. KKP juga berperan aktif dalam kerjasama regional/bilateral dengan negara lain dalam rangka bersama-sama menjaga kesehatan laut. Diharapkan seluruh stakeholder tersebut dapat merumuskan strategi serta memberikan rekomendasi kebijakan terkait upaya penanganan pencemaran di wilayah pesisir dan laut.

Mekanisme Penanganan Kejadian

Sesuai dengan Tugas dan Fungsi nya, Kementerian Kelautan dan Perikanan turut berpartisipasi juga dalam upaya penanganan beberapa kejadian kecelekaan kapal di laut yang menyebabkan terjadinya pencemaran di laut.