Laboratorium Instrumen memiliki misi strategis dalam menunjang kegiatan riset bioteknologi, keamanan pangan dan pengolahan produk di lingkup Balai Besar Riset Pengolahan Produk dan Bioteknologi Kelautan dan Perikanan. Peran utama Laboratorium Instrumen meliputi penyediaan layanan jasa analisis sampel baik internal maupun eksternal, serta pembimbingan mahasiswa. Verifikasi dan validasi metode secara rutin dan berkesinambugan diselenggarakan untuk mempertahankan data analisis yang akurat dan reproducible.
Ekstensifikasi metode pengukuran dan analisis juga dilakukan secara berkala melalui pengadaan instrumentasi baru untuk menunjang diversifikasi kegiatan penelitian kelautan dan perikanan. Berbagai peralatan laboratorium yang ada, di antaranya: Rotary Evaporator, Nitrogen Evaporator, Sentrifuge Dingin,Freeze Dryer, HPLC/LCMS, FT-IR, Luminescence, UV-VIS, AAS/ICP, Thin Layer Cromathography Spotter, GCMS, dll.