Dalam perjalanannya, Balai Besar Riset Budidaya Laut dan Penyuluhan Perikanan (BBRBLPP) telah beberapa kali mengalami perubahan nama. Pada awal berdiri bernama Sub Balai Penelitian Perikanan Pantai, berada di bawah Departemen Pertanian, dengan mandat di bidang perbenihan. Pada tahun 2000, seiring dengan terbentuknya Departemen Perikanan dan Kelautan, BBRBLPP yang saat itu bernama Loka Penelitian Perikanan Pantai, beralih dari Departemen Pertanian ke Departemen Kelautan dan Perikanan, yang sekarang menjadi Kementerian Kelautan dan Perikanan. Pada tahun 2011, berubah nama menjadi Balai Besar Penelitian dan pengembangan Budidaya Laut. Pada kurun waktu 2011-2017 bernama Balai Besar Riset Perikanan Budidaya Laut, mulai tahun 2017 mendapat mandat membawahi penyuluh perikanan wilayah Bali, NTT dan Kalimantan Tengah dan berubah nama menjadi Balai Besar Riset Budidaya Laut dan Penyuluhan Perikanan (BBRBLPP).